Pemerintah Desa Pendowoharjo dalam menjalankan pemerintahan nya bersinergi dengan berbagai macam lembaga desa di bawah naungan Desa Pendowoharjo. Lembaga Desa berfungsi untuk menjalankan kegiatan-kegiatan yang terfokus pada bidang tertentu, sehingga kinerja Pemerintah Desa Pendowoharjo menjadi semakin optimal.